Nacionalnom uredu u ostvarivanju njegovih zadaća pomaže Vijeće Nacionalnog ureda za katoličke škole čije sjednice saziva i vodi predstojnik Nacionalnog ureda.
Članovi su svi predstojnici Nad/Biskupijskih ureda i mjerodavne osobe redovničkih zajednica, osnivača katoličkih škola.